Staffel 1

Mega Man, Rush und Roll werden von Dr. Wily und seinen Robotern am Flughafen der Stadt besiegt. Während er Reparaturen durchführt, erinnert sich Dr. Light daran, wie er Mega Man erschaffen hat.

Dr. Wily's neues Gerät übernimmt die Kontrolle über das Stromnetz der Stadt und bringt das Leben der Bürger durcheinander.

Mega Man's Versuch, ein Mensch zu werden, veranlasst Dr. Wily dazu, ihn neu zu programmieren.

Dr. Wily hat einen Weg gefunden, Erdbeben zu erzeugen, und fordert die Stadt auf, sich zu ergeben oder zerstört zu werden.

Ein De-Evolution-Serum, das nur auf Roboter wirkt, wird freigesetzt.

Dr. Wily plant, die Kontrolle über einen riesigen Laser auf dem Mond zu erlangen. Mega Man folgt ihm ins All, um ihn aufzuhalten.

Ein Unterwasserbergbauunternehmen wird von Dr. Wily angegriffen, der Dr. Light und Mega Man in einem kleinen Gefängnis gefangen hält.

Dr. Wily will seinen neuen Schrumpfstrahler auf mehrere Städte anwenden, aber seine Robot Masters richten ihn gegen Mega Man.

Dr. Wily hat einen Teleporter gebaut, der gleichzeitig als Körperwechsler fungiert, wodurch Mega Man und Snake Man ihre Körper tauschen.

Dr. Wily gelangt in den Besitz einer Super-Gefriertechnologie, von der er hofft, dass sie die Stadtführer zum Verlassen der Stadt zwingen wird. Aber Ice Man hat das Gefühl, dass Air Man ihn ersetzen will, und wechselt die Seiten.

Dr. Wily's Roboter tarnen sich als Rockband, um eine Musik zu spielen, die die Gedanken kontrolliert. Nur Mega Man, Roll und ein junges taubes Mädchen bleiben davon unbeeindruckt.

Dr. Light's Zeitmaschine schickt Mega Man in eine Zukunft, in der Dr. Wily die Herrschaft über den Planeten übernommen hat. Mega Man muss einen Weg nach Hause finden und diese Zukunft retten.

Dank Dr. Wily's neue Erfindung strandet alle gemeinsam auf einer Insel. Sie müssen zusammenarbeiten, um von der Insel zu entkommen.