Staffel 1

Fähnrich D'Vana Tendi (Noel Wells) hat ihren ersten Tag an Bord der USS Cerritos. Fähnrich Boimler (Jack Quaid aus "The Boys") erhält derweil den Auftrag von Captain Freeman (Dawnn Lewis), Fähnrich Mariner (Tawny Newsome) zu observieren und Protokollverstöße zu melden. Nachdem er sie besser kennen lernt, beschließt er, sie nach einem Verstoß nicht zu melden. Es stellt sich heraus, dass Fähnrich Mariner die Tochter von Captain Freeman ist und Freeman nur nach einem Grund sucht, Mariner auf ein anderes Schiff zu verlegen. Mariner will Boimler im Gegenzug mit seinem Traum, Captain zu werden, helfen. Außerdem hat das Schiff mit einem fremdartigen Virus zu kämpfen. Schiffsarzt T'Ana (Gillian Vigman) kann jedoch ein Gegenmittel synthetisieren.

Boimler wird damit beauftragt, den klingonischen General K'orin zur Botschaft auf Tulgana IV zu geleiten. Mariner ist ebenfalls an Bord und es stellt sich heraus, dass sie und der klingonische General befreundet sind. Während Boimler seinen Auftrag ernst nimmt, betrinken sich K'orin und Mariner. Auf dem Planeten gelandet, stiehlt der alkoholisierte K'orin das Shuttle und Boimler fühlt sich überfordert, das Shuttle und den Klingonen zurückzuerlangen. Als Mariner beschließt, auf die Hilfe eines dubiosen Ferengi zu setzen, stellt sich Boimlers Misstrauen als richtig heraus. Boimlers Selbstvertrauen ist wieder hergestellt, unwissend, dass Mariner die ganze Schose fingiert hat. Derweil verbringen Rutherford und Tendi mehr Zeit zusammen.

Ein neues Protokoll, welches Leerlauf und Pufferzeiten eliminieren soll, wird in Kraft gesetzt. Dies hat zufolge, dass sich die Lower Decks sputen und richtig ins Zeug legen müssen, um ihre nun deutlich engeren Zeitpläne einhalten zu können. Der Mangel an gegenseitigem Respekt von Fähnrich Mariner und Commander Ransom führt während eines Außeneinsatzes zu Spannungen.

Captain Freeman dürstet es nach der ultimativen Vergeltung, nachdem ihre Tochter Mariner sie vor der versammelten Mannschaft respektlos behandelt und somit bloßgestellt hat. Derweil verbockt eine es gut meinende Tendi den Versuch einer spirituellen Aszension eines Leutnants. Nun plant sie, es wieder ins Lot zu bringen.

Mariner findet Boimlers neue Freundin eigenartig und wird ihr gegenüber allmählich etwas misstrauisch. Tendi und Rutherford erkunden derweil die Ausrüstung und Ausstattung eines anderen Raumschiffs und müssen anerkennen: Sie sind schon ein wenig neidisch.

Der liebenswerte, aber auch äußerst merkwürdige Fähnrich Fletcher macht Mariner und Boimler das Leben und vor allem die Arbeit schwer. Rutherford zeigt Tendi derweil ein Holodeck-Trainingsprogramm, welches er selbst entworfen hat.

Mariners beste Freundin aus Sternenflotten-Akademie-Zeiten ist als Gast-Captain an Bord der Cerritos. Nun ist Mariner bemüht, einen guten Eindruck zu machen und sie zu beeindrucken. Boimler wird derweil auf ein Sanitätsschiff der Sternenflotte geschickt, da er durch einen Transporter-Unfall „außer Gefecht gesetzt“ wurde.

Mariner, Boimler, Tendi und Rutherford finden sich in einer unerwarteten und überrumpelten Situation wieder. Grund dafür ist, dass Aliens sie dazu auffordern, Aussagen über Ereignisse zu treffen, welche scheinbar komplett zusammenhangslos sind.

Mariner stellt Boimlers Holodeck-Programm um, so dass sich der Sinn dahinter verändert. In einer Art „Lower Decks“-Film kann sie in der Holodeck-Geschichte die Rolle des Schurken übernehmen.

Die USS Cerritos trifft auf einen bekannten Feind. Tendi hilft einem hadernden Rekruten, seine Basis wieder zu finden und Boimler kommt derweil hinter das Geheimnis von Mariner.